Le 14 décembre 1837, l’église est ravagée par un violent incendie déclenché par les troupes britanniques afin d’en expulser les Patriotes qui y avaient trouvé refuge. Seule la structure en pierre résiste aux flammes et la reconstruction s’étale sur plusieurs années. Il est encore possible aujourd’hui d’observer sur la façade les traces du bombardement subi par l’église pendant plusieurs heures durant la bataille de Saint-Eustache. Classée immeuble patrimonial depuis 1970, l’église est reconnue comme lieu historique national par le gouvernement fédéral en 2015.

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